Jamais un pape contemporain n'aura été autant critiqué à un si haut niveau que le pape François.
Tous les papes ont été critiqués à un moment ou à un autre par une partie des fidèles ou des théologiens (comme Paul VI après la condamnation de la contraception), plus rarement par des évêques (on pense à Mgr Marcel Lefebvre). Or sous le pontificat présent, même des cardinaux dénoncent publiquement des déclarations ou décisions du pape François – et tous ne sont pas aussi conservateurs que le cardinal Raymond Burke ; le cardinal Gerhard Ludwig Müller, ancien préfet de la Congrégation pour la doctrine de la foi, et spécialiste de la théologie de la libération, est peu suspect d'intégrisme. Les contentieux sont nombreux et variés.
Le trouble provoqué par Amoris laetitia sur l'accès des divorcés-remariés à l'eucharistie a suscité les dubia (doutes sous forme de questions) de quatre cardinaux. Doutes restés sans réponses.
Il y a eu aussi l'affaire Viganò, cet ancien nonce aux États-Unis qui a accusé le pape François d’avoir couvert le cardinal américain pédophile Theodore McCarrick.
L'été dernier, l'épuration de l'Institut pontifical Jean-Paul II pour le mariage et la famille, purgé brutalement de la théologie morale du saint pape polonais et des professeurs qui l'enseignaient, a provoqué de violents remous en Italie, et une lettre ouverte a été signée par 200 théologiens (comme Dom Jean-Charles Nault, le père abbé de l’abbaye bénédictine de Saint-Wandrille, ou l'Australienne Tracy Rowland, membre de la Commission théologique internationale)... et le soutien discret de Benoît XVI.
Dans un autre domaine, le cardinal Zen, archevêque émérite de Hong Kong, a protesté contre les Orientations pastorales pour le clergé de Chine publiées le 28 juin dernier par le Saint-Siège, qu'il juge grosses de dangers pour les fidèles de l'Eglise clandestine.
Et le déroulement du récent synode sur l'Amazonie a suscité aussi des réactions de trois cardinaux et trois évêques, qui ont exprimé séparément leur opposition au paganisme lors de cérémonies religieuses au Vatican autour des statuettes indiennes Pachamama – « qui étaient là sans intentions idolâtriques », a riposté la pape François.
A ces contentieux s'ajoute la gestion calamiteuse des finances vaticanes, dont le déficit passerait de 32 millions d'euros en 2017 à 95,3 millions en 2019.
Contrastant à l'image bonhomme transmise par les grands médias, le pape François a la réputation d'être « très autoritaire », comme le rapporte le vaticaniste Jean-Marie Guénois (Le Figaro, 20/9). A Rome, même certains de ses partisans commencent à douter.